近年来，云南省农业农村厅以九大高原湖泊流域为重点，统筹推进农业产业发展与生态环境保护，聚焦化肥农药减量增效、农村人居环境提升、农膜回收利用、养殖污染防治等重点任务，推进农业面源污染治理并取得积极成效。
云南省农业农村厅总经济师潘文斌介绍，2022年，全省开展种植结构调整示范6.1万亩、化肥减量增效示范5.8万亩、有机肥替代化肥示范6.4万亩、测土配方施肥示范12.65万亩、绿色高质高效示范2.02万亩，开展科学用药、绿色防控等农药减量技术培训1974场次、15.9万人次，从源头规范农药化肥生产经营秩序。
2017-2022年，全省农用复合肥使用量（折纯）占化肥使用量由27.17%提高至29.25%，单质肥使用量占比由74.94%减少至70.75%，化肥施用结构进一步优化。测土配方施肥技术覆盖率连续稳定在90%以上，基本与全国保持一致。主要农作物病虫绿色防控覆盖率由2017年的27.5%提升至2022年的51.83%，提高24.3个百分点，基本与全国保持同步。生物农药由1609.87吨提高至4906.30吨，增长205%。
云南省划定畜禽禁养区4968片、面积5.29万平方公里，关闭或搬迁禁养区内规模养殖场608家，在6个县实施畜禽粪污资源化利用整县推进项目，建立粪肥还田示范12万亩，带动全省还田1.6亿吨以上。建立禁养区长效管理机制，加大禁养政策宣传力度，加强日常巡查检查，全省畜禽粪污综合利用率达82%、高于全国4个百分点，规模养殖场设施装备配套率达97%。
在着力推进农业生产废弃物资源化利用方面，云南深入实施国家畜禽粪污资源化利用整县推进项目34个，养殖设施配套提升项目3685个；建立完善秸秆资源台账，推进12个重点县秸秆综合利用项目建设；在全省46个县（市、区）开展地膜科学使用回收试点；在54个县（市、区）开展肥料农药包装物回收示范县建设。
同时，云南不断强化典型示范，探索治污长效机制，出台《关于加快推进九大高原湖泊流域农业面源污染治理的意见》《云南省九大高原湖泊流域农业绿色发展总体规划》，指导属地政府印发“十四五”《种植业结构调整方案》《化学农药减量方案》《化肥减量方案》，统筹推进重点措施落实。以九大高原湖泊流域为重点，因湖施策，推进农业绿色发展示范区建设，示范带动全省农业绿色转型发展。2022年，“九湖”流域2022年化肥使用量（折纯量）6.18万吨，比2021年（6.48万吨）减少4.69%；化学农药使用量（商品量）1900.06吨，比2021年1929.51吨减少1.55%；畜禽粪污综合利用率达88%、规模养殖场设施装备配套率达100%，农作物秸秆综合利用率达91.17%，废旧农膜回收率达83.51%，农药包装废弃物回收率达80%。